Nuova tecnica per la diagnosi simultanea di viroidi e fitoplasmi delle pomacee
Un gruppo internazionale di ricerca formato da ricercatori greci del Benaki Phytopathological Institute di Atene e spagnoli dell’Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) di Valencia ha messo a punto un metodo diagnostico rapido, sensibile e affidabile per l'identificazione simultanea dei più importanti viroidi e fitoplasmi delle Pomacee, in particolare del melo e del pero.
L’articolo che riporta i risultati della ricerca è stato pubblicato all’inizio dicembre su PublMed, rivista on line di US National Library of Medicine – National Institutes of Health.
Le Pomaceae sono suscettibili a diverse malattie causate da virus, viroidi e fitoplasmi, trasmesse da piante infette. Una via di diffusione comune è quella dell’impiego di piante infette negli innesti. Fra i patogeni trasmessi in questo modo ci sono:
- cancro bolloso del pero (PBCVd – Pear blister canker viroid ), viroide;
- ulcerazione della mela (ASSVd – Apple scar skin viroid), viroide;
- Candidatus Phytoplasma mali (Ca. P. mali) ovvero l’agente degli scopazzi del melo;
- Candidatus Phytoplasma pyri (Ca. P. pyri) ovvero l’agente della moria del pero.
Nonostante i fitoplasmi qui sopra citati siano regolamentati in Europa come patogeni da quarantena, non sempre è possibile effettuare analisi complete, veloci e affidabili.
I ricercatori hanno messo a punto una procedura di analisi basata sulla tecnica RT-qPCR per la rilevazione simultanea di viroidi e fitoplasmi di melo e pero.
La RT-qPCR è una PCR quantitativa in tempo reale (RT-qPCR, real time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction).
La PCR è una tecnica di biologia molecolare che consente la moltiplicazione (amplificazione) di frammenti di acidi nucleici dei quali si conoscano le sequenze nucleotidiche iniziali e terminali. Questa tecnica consente di ottenere in vitro molto rapidamente la quantità di materiale genetico necessaria per le successive applicazioni e/o analisi.
Nel caso di RT-qPCR, la PCR viene accoppiata con un metodo di analisi del DNA: si ha quindi un’amplificazione del DNA e, dopo ogni turno di amplificazione, una sua quantificazione. La tecnica Retro Trascrizionale (RT-PCR) permette di misurare l'espressione relativa di un gene ad un tempo particolare, o in una cellula o in un tipo particolare di tessuto. Per la quantificazione del DNA si usano diverse tecniche basate sull'uso di colorazioni fluorescenti. In particolare, nella procedura messa a punto dai ricercatori greci e spagnoli, per l’identifcazione del DNA si è usata la sonda “TaqMan”. Questa sonda è in grado di contenere due fluorocromi e quindi dà il vantaggio di rilevare contemporaneamente più di una sequenza in una sola reazione.
In questo caso specifico la tecnica RT-qPCR con sonda TaqMan permette l'identificazione degli RNA dei viroidi e del DNA dei fitoplasmi nel corso della stessa reazione.
Dai dati ottenuti nel corso delle varie sperimentazioni, il gruppo di ricerca internazionale afferma che la tecnica RT-qPCR messa a punto nel corso di questo studio per la rilevazione simultanea di viroidi e fitoplasmi di melo e pero costituisce uno strumento diagnostico in grado di facilitare i controlli su larga scala sia per la gestione della malattia, sia per la propagazione di materiale vivaistico sano certificato.
Per saperne di più:
US National Library for Medicine – PubMed.gov
