Q-Bank: banca dati on-line del DNA di organismi dannosi alle colture
La globalizzazione e il cambiamento climatico hanno influito sulla vita e propagazione degli organismi nocivi per le colture. Avviene spesso in agricoltura che ci si debba confrontare con organismi dei quali non si conosce con certezza la potenzialità negativa. Una diagnosi precoce e sicura è necessaria se si vogliono evitare sviluppi negativie danni, magari ingenti, alle coltivazioni.Si è reso pertanto necessario trovare, per l’identificazione e caratterizzazione di tali specie ed organismi, un nuovo metodo che fosse rapido, preciso e aggiornato, perché soltanto con una diagnosi corretta è possibile agire rapidamente e in modo appropriato.
Il progetto QBOL, Consorzio di 20 partner in tutto il mondo, finanziato dall’Unione Europea con il 7° Programma Quadro,ha avuto lo scopo di sviluppare degli strumenti per identificare in modo accurato, preciso e inequivocabile patogeni e parassiti nocivi per le piante. Da detto progetto è nata Q-Bank, una banca dati consultabile on-line capace di fornire agli esperti del settore informazioni dettagliate per identificare patogeni nocivi in tempi brevi e minimizzando la possibilità di errore. QBOL si è occupato della raccolta dati e quindi ha unito tutti i risultati ottenuti in Q-Bank dove sono a disposizione degli utenti. Infatti, QBOL, in quanto progetto comunitario, aveva anche il compito di diffondere il più possibile i risultati ottenuti.
Per l’identificazione univoca delle specie è stata usata la tecnica del DNA barcoding, ovvero è stato usato un metodo tassonomico che usa un pezzettino di DNA come marcatore genetico dell’organismo per identificare la specie. Anche se le sequenze di DNA di organismi tassonomicamente vicini sono in genere molto simili tra loro, esistono sempre alcune differenze. E sono proprio queste differenze ad essere identificate e quindi utilizzate come un codice a barre costituito da DNA. Nel database, gli organismi vengono divisi per appartenenza tassonomica: virus e viroidi, batteri, funghi, piante, nematodi, artropodi e così via. Per ciascun organismo individuato sono presenti dati scientifici quali nomenclatura, dati morfologici e molecolari, immagini sulla corretta tassonomia di identificazione, codici DNA/RNA, specifiche sulle sequenze utili per l’identificazione, identificazione polibasica e analisi dei dati, sintomi, punti identificativi chiave delle piante ospiti, e una serie di link utili ed affidabili dove trovare raccolte di specie, tessuti, genomi completi, e una lista di altri database utili.
Per struttura e composizione il database è principalmente finalizzato all’uso da parte di organizzazioni fitosanitarie, organismi nazionali per la protezione delle piante, enti di ispezione e laboratori privati.
Il progetto Q-Bank è finanziato dal Ministero dell’Economia, Agricoltura e Innovazione Olandese e da QBOL che al suo interno vede partner di 20 paesi diversi tra cui figura anche l’Italia.
I risultati ottenuti sulla codifica dei DNA dei vari organismi nocivi per l’agricoltura, sono stati anche resi noti nella conferenza organizzata da QBOL e EPPO (European and Mediterranean Plant Protection Oragnisation – Organizzazione Europea e Mediterranea per la protezione delle piante) tenutasi a Haarlem in Olanda a maggio 2012 e i cui atti sono stati recentemente pubblicati sul sito di EPPO.
Il progetto QBOL si è concluso l’anno scorso con le raccomandazioni su come armonizzare e uniformare sia la campionatura sia il metodo di identificazione in tutta Europa. Infatti, per un ottimale utilizzo della banca dati è basilare la campionatura, un errore in tale frangente comporterebbe facilmente un errore nella identificazione. Una seconda raccomandazione vede come oggetto gli esperti, infatti per poter utilizzare appieno tutte le informazioni presenti sulla banca dati è necessario disporre di esperti in tassonomia e scienza fitosanitaria preparati.
L’aggiornamento in continuo e l’ampliamento della banca dati adesso sono direttamente gestiti da Q-Bank.
Per saperne di più:
EPPO Bulletin
QBANK
QBOL
Consorzio Italiano per il DNA barcoding www.barcodingitaly.it/
