III 4.6 La Banca dati del DNA degli organismi dannosi
La globalizzazione e il cambiamento climatico hanno influito sulla vita e propagazione degli organismi nocivi per le colture. Avviene spesso in agricoltura che ci si debba confrontare con organismi dei quali non si conosce con certezza la potenzialità negativa. Una diagnosi precoce e sicura è necessaria se si vogliono evitare sviluppi negativi e danni, magari ingenti, alle coltivazioni. Si è reso pertanto necessario trovare, per l’identificazione e caratterizzazione di tali specie ed organismi, un nuovo metodo che fosse rapido, preciso e aggiornato, perché soltanto con una diagnosi corretta è possibile agire rapidamente e in modo appropriato.
È stata pertanto messa a punto Q-Bank, una banca dati consultabile on-line capace di fornire agli esperti del settore informazioni dettagliate per identificare patogeni nocivi in tempi brevi e minimizzando la possibilità di errore.
Per l’identificazione univoca delle specie è stata usata la tecnica del DNA barcoding, ovvero è stato usato un metodo tassonomico che usa un pezzettino di DNA come marcatore genetico dell’organismo per identificare la specie. Anche se le sequenze di DNA di organismi tassonomicamente vicini sono in genere molto simili tra loro, esistono sempre alcune differenze. E sono proprio queste differenze ad essere identificate e quindi utilizzate come un codice a barre costituito da DNA. Nel database, gli organismi vengono divisi per appartenenza tassonomica: virus e viroidi, batteri, funghi, piante, nematodi, artropodi e così via. Per ciascun organismo individuato sono presenti dati scientifici quali nomenclatura, dati morfologici e molecolari, immagini sulla corretta tassonomia di identificazione, codici DNA/RNA, specifiche sulle sequenze utili per l’identificazione, identificazione polibasica e analisi dei dati, sintomi, punti identificativi chiave delle piante ospiti, e una serie di link utili e affidabili dove trovare raccolte di specie, tessuti, genomi completi, e una lista di altri database utili.
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